在选择学科交叉研究论文查重软件时，首先要考虑软件的查重准确性和覆盖范围。准确性是评判一款查重软件好坏的重要指标，而覆盖范围则决定了软件能否检测到跨学科领域的重复内容。其次，要考虑软件的易用性和稳定性，一个操作简单、稳定可靠的软件能够提高研究效率。最后，还需要关注软件的价格和服务支持，选择一个性价比高、有完善售后服务的软件会让研究工作更加顺利。

除了查重准确性、覆盖范围、易用性、稳定性、价格和服务支持外，还可以考虑软件是否支持多种文献格式的查重、是否有定制化需求的服务、是否有专业的技术团队提供支持等因素。综合考虑以上各方面因素，选择一款适合学科交叉研究的论文查重软件，可以为研究者提供更好的学术保障，确保研究成果的独立性和原创性。